Untuk saat ini banyak para pembudidaya udang/ikan, khususnya pada ikan jarang sekali memperhatikan tentang siklus nitrogen ini sehingga mereka membudidayakan ikan yang tidak mempunyai sistem yang baik sehingga banyak terjadi kegagalan pada awal sampai pertengahan siklus budidaya dikarenakan banyaknya bahan organik yang menumpuk dan tidak terdegradasi dengan sempurna sehingga akan menyebabkan bakteri jahat akan menyerang dan akan mengakibatkan ikan hasil budidaya akan terserang penyakit.
Bahan organik yang biasanya digunakan pada budidaya udang/ikan adalah fermentasi, dedaunan/batang pohon pisang yang sering dimasukkan ke dalam sistem(kolam), pakan (pellet,pakan alternatif, pakan alami) dan feses ikan. dalam hal ini yang paling berbahaya adalah pellet ikan dan fesses ikan. Pellet yang diberikan pada ikan tidak semuanya akan dicerna secara sempurna terutama adalah protein yang menjadi penyumbang sampah nitrogen (N) terbesar yang di buang melalui fesses ikan. Nitogen yang tidak terdegradasi secara sempurna akan menyebabkan tumbuhnya bakteri pendegradasi bahan organik yang bersifat jahat (gram -) yang akan merugikan budidaya, untuk itu diperlukan pengetahuan tentang bakteri nitrifikasi.
Sistem budidaya apapun entah itu yang menggunakan plankton, semi flok, bioflok, biocolloid selalu menekankan tentang berjalannya siklus nitrogen dalam sistem yang mereka gunakan, terutama pada penngunaan bakteri baik (gram +)/ probiotik jenis tertentu untuk mendegradasinya. Jenis probiotik yang digunakan biasanya dari jenis nitrobacter, nitrosococcus, Bacillus Sp, Rhodococcus/Rhodobacter, dan Thiobacillus Sp. Setiap bakteri mempunyai fungsinya tersendiri dalam setiap tahap siklus nitrogen.
Siklus Nitrogen tersendiri terdiri dari beberapa tahap yaitu Ammonifikasi, Nitrifikasi dan Denitrifikasi. Setiap tahap memerlukan bakteri dari strain yang berbeda sehingga diperlukan bakteri yang pas dan cocok serta beberapa bakteri dari strain tertentu agar agar dapat membantu bakteri yang berfungsi di setiap tahapnya. Siklus Nitrogen akan berjalan lancar jika badan perairan memenuhi syarat syarat tertentu terutama adalah keberadaan oksigen. Keberadaan oksigen sangat mendukung dan menjadi faktor pembatas dalam siklus nitrogen. jika siklus nitrogen telah mencapai tahap tertentu dan kandungan oksigen dalam perairan sangat terbatas, maka bahan organik yang seharusnya telah terdegradasi serta tingkat toksisitasnya menurun akan kembali ke bentuk awal (ammonia) sehingga akan menjadi sangat berbahaya bagi ikan budidaya.
Nitrobacter sebenarnya sudah ada dalam suatu sistem untuk mendegradasi bahan organik, tetapi dengan semakin banyaknya penambahan hewan budidaya, maka semakin banyak penambahan pakan pada sistem maka akan semakin berbahaya jika tidak adanya penambahan probiotik baik jenis bacillus Sp, dan bakteri nitrifikasi untuk memperlancar Siklus Nitrogen agar bakteri berbahaya (Gram -) dapat tertekan dominasinya.
berikut Penggambaran dari Siklus Nitrogen
